Olá Jhennifer
O autônomo pode regularizar o Carnê-Leão mesmo sem o CPF dos clientes, a tributação ocorre sobre o rendimento recebido, independentemente da identificação da fonte pagadora.
Nesse caso, no Carnê-Leão, deve lançar os valores mês a mês utilizando a opção de rendimento sem identificação da fonte ou, CPF genérico (000.000.000-00), sem jamais inventar dados, e apurar normalmente o imposto pelo regime de caixa, conforme o mês do recebimento.
É fundamental manter um Livro Caixa bem estruturado com comprovantes (extratos, Pix, controles) para dar suporte às informações, já que esses rendimentos continuam sujeitos à fiscalização e cruzamentos (e-Financeira), sendo essencial que os valores declarados estejam compatíveis com a movimentação bancária do contribuinte.
Espero ter ajudado.