Bom dia, Patricia,
Essa situação é bem comum quando o cliente migra de sistema, e a boa notícia é que tem solução. O caminho depende do tipo de nota que está sendo emitida, então vale entender se são notas de produto (NF-e) ou de serviço (NFS-e), porque os procedimentos são um pouco diferentes.
Para NF-e (notas de produto):
A numeração da NF-e é controlada pelo próprio emitente e segue por série. O que aconteceu com o seu cliente é que ele tinha notas emitidas em uma série (provavelmente série 1) com numeração já avançada, e ao migrar para o novo sistema, o sistema zerou o contador e começou do número 1 novamente na mesma série.
O problema é que a SEFAZ não aceita numeração duplicada. Se o novo sistema emitiu notas com números que já existem em notas válidas anteriores, essas notas novas serão rejeitadas ou, pior, poderão ter sido autorizadas em uma série diferente sem que o contador perceba.
O que fazer: verifique no novo sistema qual é a série que está sendo utilizada. Se for a mesma série das notas antigas, é preciso configurar o sistema para continuar a numeração de onde parou, ou criar uma nova série (por exemplo, série 2) para as notas emitidas no novo sistema a partir de agora. A mudança de série é permitida e resolve o problema de forma limpa, sem necessidade de cancelar nada.
Se já foram emitidas notas com número duplicado e autorizadas pela SEFAZ, a situação é mais delicada. Nesse caso, é necessário verificar no portal da SEFAZ do estado quais notas constam como autorizadas e, se houver duplicidade real, entrar em contato com a SEFAZ para orientação, pois o procedimento pode variar por estado.
Para NFS-e (notas de serviço):
A numeração da NFS-e é gerada pelo município, não pelo emitente. Quando o cliente emitia pelo sistema antigo, as notas eram registradas na prefeitura com a numeração atribuída por ela. No novo sistema, ao se conectar ao mesmo portal municipal, a numeração deveria continuar automaticamente de onde parou, porque quem controla o número é a prefeitura, não o sistema.
Se o novo sistema começou do número 1, há duas possibilidades: ou o sistema está conectado a um CNPJ ou ambiente diferente, ou houve alguma configuração errada na integração com o portal municipal. Nesse caso, o ideal é verificar diretamente no portal da prefeitura quais notas constam como emitidas e confirmar se as notas geradas pelo novo sistema estão sendo registradas corretamente lá.
Resumindo a orientação prática:
Antes de qualquer coisa, levante todas as notas emitidas nos dois sistemas e identifique se há números duplicados na mesma série. Com esse diagnóstico em mãos, a solução mais simples é configurar o novo sistema para usar uma série diferente ou continuar a sequência correta. Para as notas que já saíram com numeração problemática, avalie caso a caso se há necessidade de cancelamento e reemissão
