Olá Fernanda
A exigência de emissão de nota fiscal pelos médicos e nutricionistas não surgiu por causa da Reforma Tributária (LC 214/2025), mas sim porque sempre houve a obrigação de formalizar a prestação de serviços. O que mudou agora é que, com o novo modelo de IBS e CBS, haverá muito mais controle, cruzamento de dados e rastreabilidade, o que aumenta o risco para quem não estiver regular.
Na prática, todo profissional que presta serviço e recebe por isso precisa emitir um documento fiscal. Se for pessoa física, normalmente via RPA (com retenções de INSS e IR). Se for pessoa jurídica, deve emitir nota fiscal de serviço.
O que a sua contabilidade fez foi antecipar um ajuste importante: organizar essa relação para evitar problemas fiscais futuros, já que o novo sistema será muito mais rigoroso.
Espero ter ajudado.