Boa tarde!
O cálculo do Fator R no Simples Nacional baseia-se na folha de salários que sofre incidência de encargos previdenciários (natureza remuneratória), excluindo verbas indenizatórias.
As verbas mais comuns, são: Salários (bruto), Pró-labore dos sócios, 13º Salário, Férias gozadas e +1/3 constitucional, Adicionais (hora extra, adicional noturno, periculosidade, insalubridade), Encargos: INSS patronal e FGTS efetivamente recolhidos.
Espero ter ajudado.