Boa tarde!
Sim, a emissão de Nota Fiscal de Serviço Eletrônica (NFS-e) é o documento correto e, com a Reforma Tributária (Lei Complementar nº 214/2025 e Notas Técnicas de 2025/2026), tornou-se a forma padronizada para registrar a locação e arrendamento de bens móveis e imóveis, inclusive no agro.
Sobre a questão das alíquotas, sugiro consultar a legislação aplicável, visto que estamos em processo de mudança, por conta da Reforma Tributária.
Espero ter ajudado.