Boa tarde Jéssica.
Acredito que a emissão das notas para a “saída”, você até consiga fazer de certa forma. Mas a entrada de fato, como não foi registrada na ocasião e passou bastante tempo, acredito que não consiga fazer diretamente.
Talvez seria interessante retificar as escriturações passadas, por exemplo.
Mas é importante analisar o caso a fundo para tomar o melhor caminho.
Espero ter ajudado.