Olá Elaine, tudo bem?
Se a inscrição estadual já foi emitida e o MEI possui certificado digital, o próximo passo é escolher um sistema emissor de nota fiscal eletrônica. Pode usar o emissor gratuito do Sebrae, que atende bem as necessidades do MEI, ou optar por um sistema pago com mais recursos, como o Bling, que tem um bom custo-benefício.
No caso do Sebrae, o próprio site traz o passo a passo para configurar e emitir as notas.
Espero ter ajudado.