Olá, boa noite Beatriz!
Sim, você pode usar esse valor em toda a operação da empresa. O capital social serve justamente para isso, principalmente no início do negócio.
Ao fim do exercício social, é feito o encerramento das contas de resultado, onde é auferido o lucro ou prejuízo da empresa, e consequentemente, aumento da conta Lucros ou Prejuízos Acumulados, uma conta que fica na parte do Patrimônio Líquido da empresa.
Lembre-se das partidas dobradas nos lançamentos contábeis: O valor do débito precisa bater com o valo do crédito nos seus lançamentos.
Espero ter ajudado.