Olá Liria, tudo bem?
Geralmente, é bom realizar a entrega juntas. Principalmente neste caso seu que a do MEI será zerada. Pode enviar a do MEI e em seguida o IRPF.
Mas não vejo nenhum problema em fazer o inverso também não. Nunca vi relatos a respeito que houve algum problema, principalmente se a do MEI será zerada.
Espero ter ajudado!