Olá, boa tarde!
Para resolver a malha fina de processo trabalhista (geralmente por divergência de fonte pagadora ou valores), o documento principal e obrigatório que você deve apresentar (ou solicitar ao advogado da causa) é a Planilha de Cálculos da Justiça (ou o demonstrativo de cálculo homologado pelo juízo), juntamente com a Nota de Débito/Crédito ou o Informe de Rendimentos emitido pela própria empresa reclamada (quando ela faz a retenção e presta contas à Receita Federal).
Normalmente, o CNPJ que deve constar na declaração é o da empresa reclamada, pois é ela a responsável tributária pelo rendimento pago, mesmo que o dinheiro tenha saído de uma conta judicial ou de um depósito em juízo.
Espero ter ajudado.