Bom dia, Cristiane
Este é um tema que gera bastante dúvida, então vou tentar detalhar cada ponto da sua situação.
Sobre a isenção por moléstia grave
A isenção de Imposto de Renda para portadores de moléstia grave está prevista no artigo 6º da Lei 7.713/1988 e abrange os rendimentos de aposentadoria, pensão e reforma. Para que a isenção seja reconhecida formalmente pela Receita Federal, o caminho correto é a abertura de processo administrativo no e-CAC, e você está certa ao buscar essa rota.
O problema que você encontrou, de o sistema só permitir abertura de processo quando há malha fiscal, é uma limitação real do e-CAC para esse tipo de solicitação em determinados contextos. O caminho alternativo, e muitas vezes o mais eficaz nessa situação, é procurar presencialmente uma unidade da Receita Federal para protocolar o pedido de reconhecimento de isenção com a documentação necessária, que inclui laudo médico emitido por serviço médico oficial, com identificação da moléstia, CID e assinatura do médico responsável, além dos documentos pessoais da cliente e do comprovante de que os rendimentos são de aposentadoria.
Sobre a declaração entregue sem os rendimentos e sem a isenção
Aqui está o ponto mais delicado. A declaração foi entregue incompleta, sem os rendimentos e sem o aproveitamento da isenção. O procedimento correto é retificar essa declaração.
A retificação não gera nenhuma penalidade por si só. A questão é o que vai aparecer após o preenchimento correto. Se os rendimentos de aposentadoria forem lançados sem a isenção aplicada, provavelmente haverá imposto a pagar, com acréscimos de multa de 0,33% ao dia, limitada a 20%, mais juros pela taxa Selic, já que o prazo de pagamento já passou. Porém, se a isenção for reconhecida e aplicada corretamente, esses rendimentos ficam fora da base de cálculo e não geram tributação.
A ordem lógica de resolução
O ideal é primeiro providenciar o reconhecimento formal da isenção junto à Receita Federal, com o laudo médico em mãos, e depois retificar a declaração já com a isenção devidamente declarada. Isso evita que a retificação gere um saldo a pagar que depois precisaria ser revertido.
Na declaração retificadora, os rendimentos de aposentadoria isentos por moléstia grave são informados na ficha de Rendimentos Isentos e Não Tributáveis, no código 12, que é justamente o campo destinado a aposentadoria e pensão por moléstia grave ou acidente em serviço. Esse valor não compõe a base de cálculo do imposto.
Um ponto de atenção importante
Vale verificar se a cliente tem outros rendimentos além da aposentadoria, como aluguéis, aplicações financeiras ou trabalho. Esses outros rendimentos continuam tributáveis normalmente, mesmo com a isenção por moléstia grave. A isenção é específica para os proventos de aposentadoria.
Se quiser, descreva melhor a situação financeira dela e posso ajudar a pensar no preenchimento mais adequado da retificadora.