Olá Thamires, tudo bem?
O RPA costuma ser utilizado quando uma pessoa física presta serviços a uma pessoa jurídica e não há emissão de nota fiscal pelo prestador. Assim, se o município já exige a NFS-e para o profissional autônomo, essa é a forma adequada de documentar a prestação do serviço.
Quanto ao MEI contratante, a contratação eventual de um serviço contábil não gera, por si só, a obrigação de manter contabilidade regular. Basta que ele mantenha a nota fiscal arquivada e continue cumprindo as obrigações inerentes ao MEI.
Espero ter ajudado