Olá Carla, tudo bem?
Ela pode sim ter direito ao benefício do INSS como MEI, desde que esteja com as contribuições em dia. Para o auxílio por incapacidade temporária (antigo auxílio-doença), a regra geral é ter pelo menos 12 contribuições mensais pagas e comprovar a incapacidade por meio de perícia médica do INSS. Em alguns casos de doenças graves previstas em lei, a carência pode ser dispensada.
O fato de possuir uma empresa do Simples baixada com dívidas não impede o recebimento do benefício, desde que o MEI esteja ativo e regular.
O pedido pode ser feito pelo Meu INSS ou pelo telefone 135, anexando atestados, exames e laudos médicos para análise do INSS.
Espero ter ajudado.