Olá Eva, tudo bem?
Essa diferença acontece por causa do momento em que o MEI é aberto.
Se a pessoa já estiver recebendo o salário-maternidade e abrir um MEI durante o período do benefício, o INSS pode entender que houve retorno à atividade, podendo suspender ou cancelar o benefício.
Por outro lado, quando a pessoa já é MEI antes da gravidez, ela tem direito ao salário-maternidade, desde que cumpra a carência de contribuições mensais.
Espero ter ajudado.