Olá Michel
Não há problema em retirar os CNAEs secundários de comércio de um MEI quando a atividade efetivamente exercida é apenas prestação de serviços e o CNAE principal está correto; ao contrário, a correção cadastral é a conduta fiscalmente adequada. A alteração do cadastro não gera inconsistência no DAS mensal: a partir das competências futuras, o DAS será automaticamente recalculado sem ICMS, permanecendo apenas INSS e ISS, enquanto os DAS já apurados ou pagos continuarão constando com ICMS, sem recálculo retroativo. O ICMS pago anteriormente caracteriza pagamento a maior, não infração, desde que o MEI nunca tenha exercido comércio nem emitido notas de venda de mercadorias. Na prática, não se recomenda pedir restituição desses valores pelo baixo impacto financeiro e pelo custo operacional e risco de fiscalização. Ajustar o CNAE agora reduz riscos futuros, especialmente em eventual desenquadramento, sendo mais seguro corrigir o cadastro e seguir corretamente daqui para frente do que manter CNAEs incompatíveis com a atividade real.
Espero ter ajudado.