Boa noite!
Vamos por partes.
Enquanto MEI, ele não teria obrigação de ter contabilidade. Com isso, bastaria fazer a presunção para descobrir os valores a serem lançados no IRPF.
Com o desenquadramento, mesmo retroativo, ele já é obrigado a ter a contabilidade regular, também de forma retroativa, até mesmo para recolher os impostos devidos na empresa.
Com base nisso, presume-se que após o encerramento contábil, tendo lucro, aconteça a distribuição de fato. E aí sim você terá a base para lançar no IRPF.
Espero ter ajudado.