Olá Kênia, tudo bem?
Se a CND estadual do CNPJ saiu negativa, significa que não há débitos de ICMS em aberto no momento junto ao Estado.
Como o último ICMS do MEI foi enviado ao ente federado em 12/2023, se existisse pendência já teria sido inscrita e constaria na certidão. Em regra, débitos de ICMS não aparecem depois se já houve tempo hábil para processamento e inscrição.
A CND do CPF da empresária não interfere no CNPJ (salvo se fosse débito vinculado ao MEI como responsável).
Portanto, não há indicativo de risco futuro, apenas mantenha o acompanhamento normal.
Espero ter ajudado.