Exato, você está correta no seu raciocínio.
Para ter direito à isenção de único imóvel, o contribuinte precisa atender a dois requisitos ao mesmo tempo: não ter alienado nenhum outro imóvel nos últimos cinco anos e, justamente, não possuir nenhum outro imóvel no seu patrimônio, independentemente da fração.
O fato de ele ter 1/4 de outro imóvel, mesmo que seja uma parcela pequena e mesmo que tenha sido recebida por doação, já o desqualifica dessa isenção. Para a Receita Federal, qualquer fração de imóvel conta como propriedade de bem imóvel, e isso é suficiente para afastar a isenção do único imóvel.
Portanto, nesse caso, a venda da casa precisaria ser analisada sob outra possibilidade de isenção ou benefício. Vale verificar, por exemplo, se o valor total da venda foi aplicado na compra de outro imóvel residencial dentro de 180 dias, que é a isenção por reinvestimento prevista no artigo 39 da Lei 11.196. Essa isenção não exige que o imóvel vendido seja o único, então ela poderia se aplicar aqui dependendo de como foi feita a aquisição do apartamento.
Se não couber nenhuma isenção, o ganho de capital precisará ser calculado e o imposto recolhido via GCAP no prazo correto.