Se você mesmo fez a declaração no seu programa, basta clicar na declaração transmitida e retificar.
Se outra pessoa fez a declaração e você não tem ela no seu programa, a melhor forma de fazer isso é a seguinte:
Baixar a declaração pré-preenchida no seu programa com a senha do gov.br do usuário, nível prata ou ouro, ou com a procuração emitida pelo mesmo, e na aba de "Identificação do Contribuinte" em "Que tipo de declaração você deseja fazer?" alterar para "Declaração Retificadora". Abaixo você vai preencher com o número do recibo da declaração original entregue. O número você consegue pelo PDF do Recibo ou dentro do MIR no e-CAC.
Após isso, você pode fazer as alterações necessárias e transmitir novamente.
Obs: A opção pela tributação pode ser alterada mediante retificação somente até 29/05. Após isso, é impossível fazer a alteração.