Olá Tony
Sim. Isso acontece porque o seguro é destinado apenas ao pescador profissional artesanal exclusivo, que vive unicamente da pesca, sem vínculo empregatício ou outra fonte de renda.
Ao abrir um CNPJ como MEI, o pescador passa a ser considerado contribuinte individual e titular de atividade empresarial, o que descaracteriza sua condição de pescador artesanal e, portanto, invalida o benefício.
Mesmo que o MEI seja criado apenas para emitir notas fiscais da venda do próprio pescado, o INSS geralmente interpreta essa formalização como uma segunda fonte de renda, podendo suspender o pagamento.
Espero ter ajudado.