Olá @Kenia Fidelis Rosa , boa tarde! Sua sequência de regularização está correta. Após o registro do Contrato Social na Junta comercial, deve ser solicitado o alvará de funcionamento/sanitário. Se o pedido não for feito e a empresa funcionar sem liberação, em caso de fiscalização, a Prefeitura irá procurar pelo responsável da empresa e pelo contador responsável para regularização. Sem regularização na Prefeitura não é possível emitir nota fiscal também. Tudo precisa estar regularizado para o bom funcionamento da empresa.
Espero ter ajudado!