Olá Isabela, tudo bem?
Você deve observar a natureza do serviço prestado e não apenas o CNAE do MEI.
No caso dos MEIs que prestam serviços de hidráulica, eletricidade, pintura, alvenaria, carpintaria ou manutenção/reparo de veículos, quando o serviço é prestado para pessoa jurídica, a empresa tomadora é obrigada a recolher os 20% de INSS patronal sobre o valor do serviço.
No seu exemplo, a nota foi emitida no valor total de R$ 3.504,00, porém dentro desse valor R$ 604,00 correspondem a serviço de hidráulica. Assim, o correto é considerar apenas o valor referente ao serviço sujeito à contribuição, ou seja, os R$ 604,00, e calcular os 20% de INSS patronal sobre esse valor.
Portanto, você pode lançar somente o valor do serviço de hidráulica para fins de recolhimento do INSS. O restante do valor da nota não entra nesse cálculo, desde que realmente corresponda a outros serviços que não estejam na lista das atividades que geram essa obrigação.
Lembrando que, mesmo que o CNAE do MEI não seja dessas atividades, se na descrição da nota constar que o serviço prestado foi de hidráulica, a incidência pode ser exigida, pois o que prevalece é o serviço efetivamente executado.
Espero ter ajudado.