Olá Grasiella
A rejeição “IE do remetente não vinculado ao CNPJ” geralmente ocorre porque a Inscrição Estadual informada no CT-e não está vinculada ou não está ativa para o CNPJ do remetente no cadastro da SEFAZ. Mesmo que a IE conste em um CT-e emitido anteriormente, isso não garante que ela continue válida atualmente, pois pode ter havido alteração cadastral, baixa, suspensão ou mudança de vínculo. Também é importante verificar se o sistema está transmitindo alguma IE gravada no cadastro do cliente, mesmo quando ele é informado como não contribuinte ou isento. O ideal é conferir no XML do CT-e qual CNPJ e qual IE estão sendo enviados e comparar essas informações com a consulta cadastral atual da SEFAZ. Caso o remetente realmente não possua IE ativa, o documento deve ser emitido conforme o enquadramento correto, sem informar uma inscrição estadual inválida.
Espero ter ajudado.