Olá, bom dia!
Esse fato costuma ocorrer sim. Indiretamente, a dívida não aparece no estado, pois é considerado um valor “pequeno”, e por isso o estado não disponibiliza essa dívida nos seus canais, mesmo que no portal do MEI tenha essa informação.
Nesses casos, é importante buscar a emissão das certidões negativas, para comprovar e evitar qualquer enquadramento futuro, se for o caso.
Espero ter ajudado.