Olá Kênia, tudo bem?
Não. Cada débito vai para o seu respectivo ente:
INSS → vai para a PGFN.
ICMS → vai para o Estado.
ISS → vai para o Município.
Ou seja, não fica tudo na PGFN.
No caso do ISS, a Prefeitura só consegue consultar se houver Inscrição Municipal (IM). Se o prestou serviços, ele deveria ter IM; se não tem, é preciso regularizar o cadastro municipal para verificar eventuais débitos de ISS.
Espero ter ajudado.