Bom dia, Rodrigo,
Vou explicar os pontos mais importantes para você entender o problema e como encaminhar a resolução.
Primeiro, é importante identificar exatamente o motivo da retenção. A malha fina de despesas médicas costuma ocorrer por alguns motivos específicos, e no seu caso o mais provável está relacionado à origem do pagamento. Para confirmar, acesse o extrato do processamento da declaração no e-CAC, na opção Meu Imposto de Renda, e verifique a pendência apontada. Lá geralmente aparece se o problema é divergência de valores informados pelo prestador de serviço na DMED, ausência de comprovação do pagamento, ou dados incompletos do prestador.
Agora, sobre a questão central que você trouxe, que é o pagamento ter sido feito com recursos da empresa MEI da dependente. Aqui existe uma restrição relevante na legislação do Imposto de Renda. A dedução de despesas médicas, prevista no artigo 8 da Lei 9250 de 1995, exige que o pagamento tenha sido efetivamente realizado pelo próprio contribuinte ou por seu dependente, com recursos próprios da pessoa física. Quando o valor sai diretamente da conta da pessoa jurídica, mesmo sendo o MEI de titularidade da dependente, a Receita Federal entende que quem custeou a despesa foi a empresa, e não a pessoa física. Isso descaracteriza a dedução, porque juridicamente pessoa física e pessoa jurídica são patrimônios distintos, mesmo no caso do MEI.
Na prática, isso significa que, se o dinheiro saiu da conta do CNPJ para pagar diretamente o médico ou a clínica, sem antes passar pela conta pessoal da dependente como retirada de lucro ou pró-labore, a Receita pode considerar essa despesa indedutível na declaração de pessoa física, mesmo que o recibo esteja emitido em nome da dependente.
Diante disso, você tem dois caminhos possíveis. O primeiro é reunir a documentação que comprove que, apesar do pagamento ter partido da conta do MEI, esse valor correspondia a uma retirada de lucro ou pró-labore da dependente, e que portanto o recurso já pertencia à pessoa física antes de ser destinado ao pagamento da despesa médica. Isso exigiria um fluxo documental claro, mostrando a movimentação entre a conta da empresa e a conta pessoal, o que normalmente não existe quando o pagamento é feito direto da conta PJ para o prestador de serviço.
O segundo caminho, caso não seja possível comprovar essa origem, é retificar a declaração excluindo o valor da despesa médica que não pode ser sustentado como pago pela pessoa física. Isso pode gerar diferença de imposto a pagar, com acréscimo de multa e juros calculados pela taxa Selic, caso a exclusão reduza a restituição ou gere saldo devedor.
Vale reforçar também que, independentemente da origem do pagamento, as despesas médicas só são dedutíveis quando comprovadas por documentos idôneos, contendo nome completo, CPF ou CNPJ do prestador do serviço, endereço, natureza do serviço prestado e valor. Despesas reembolsadas por convênio ou plano de saúde não podem ser deduzidas na parte reembolsada.
Se depois de verificar o extrato do processamento você identificar que o motivo da malha é outro, como divergência de valores com o que o prestador declarou na DMED, o procedimento é diferente: nesse caso, basta confirmar com o prestador o valor correto informado por ele à Receita e retificar a declaração para que os valores coincidam, sem necessidade de excluir a despesa.