Boa tarde!
Pelas informações que passou, ele deixaria de ser MEI a partir de 01/01.
Com isso, a nota emitida em janeiro deve ter os impostos recolhidos de acordo com o novo regime tributário.
Lembrando que quando o MEI ultrapassa o limite até 20%, ele é desenquadrado em janeiro do ano seguinte, devendo recolher os impostos sobre o valor excedido.
Caso ultrapasse os 20%, o desenquadramento retroage para janeiro do ano corrente.