Olá, bom dia!
Possivelmente ela foi excluída do MEI por algum motivo.
É necessário verificar qual foi o motivo, e buscar a regularização.
Como já passou do prazo de pedir o reenquadramento do MEI e do Simples Nacional, vai ser necessário regularizar as pendências, e aguardar até o próximo ano. Você pode também, efetuar a baixa, regularizar as pendências, e abrir um novo MEI.
Se for continuar com a empresa, é necessário fazer o processo de desenquadramento, que varia de acordo com a Junta Comercial de cada estado. Ou seja, há diferenças de um estado para outro.
Se optar por dar baixa, também vai precisar verificar na Junta Comercial o processo.
Ou seja, nesse momento, independente do caminho que escolher, vai precisar passar pela Junta Comercial do estado. Normalmente, há a necessidade de pagamento de algumas taxas. Seria interessante buscar maiores informações no portal da Junta, para verificar esses valores.
Espero ter ajudado.