Ola Felipe, tudo bem?
Você está correto quanto ao desenquadramento por ultrapassar mais de 20% do limite, que deve ser feito com efeito retroativo a 01/01/2025.
Sobre suas dúvidas: o ideal é transmitir a DASN-SIMEI antes de realizar o desenquadramento, caso ainda não tenha sido feita, para evitar bloqueios no sistema.
Após o desenquadramento, a empresa deixa de ser MEI desde 01/01/2025 e você precisará refazer toda a apuração de 2025 como empresa do Simples Nacional, utilizando o PGDAS-D.
O sistema não vai pedir diretamente informações de 2024, mas você deve ter esse faturamento em mãos, pois ele é utilizado para cálculo da alíquota (RBT12) nos primeiros meses de 2025.
Por fim, será necessário recalcular os tributos mês a mês de 2025, gerando as guias com possíveis diferenças, acrescidas de juros e multa pelo atraso.
Espero ter ajudado.