Olá Gessyca, tudo bem?
Pelo que consta atualmente no Portal do Empreendedor, a ocupação de Despachante Documentalista possui previsão de enquadramento no MEI vinculada ao CNAE 8299-7/99, então, em princípio, não haveria impedimento apenas pela atividade ou pelo fato de o CNAE ser mais genérico.
De toda forma, como se trata de profissão regulamentada e o enquadramento do MEI depende da atividade efetivamente exercida na prática, é sempre importante avaliar o caso concreto, principalmente quanto à forma de atuação, serviços prestados e compatibilidade com as regras do regime.
Espero ter ajudado