Olá, bom dia!
Normalmente, quando ocorre o protesto, o sistema da PGFN deixa a opção de parcelamento bloqueada por uns dias.
Mas depois é liberado automaticamente para solicitar o parcelamento. Vale lembrar, que a custa do cartório precisa ser paga diretamente no cartório, pois não entra junto no valor que aparece na PGFN, seja pagando à vista, ou parcelando.
Espero ter ajudado.