Olá Jéssica, tudo bem?
Não é recomendado baixar o CNPJ antes de transferir o veículo.
Quando o veículo é comprado no CNPJ do Microempreendedor Individual, ele fica vinculado à empresa. Então, para passar para a esposa, é necessário fazer uma transferência formal (venda ou doação), com registro no DETRAN e documentação adequada.
Se a empresa for baixada primeiro, pode dificultar a transferência depois.
Espero ter ajudado.