Olá João Lucas, tudo bem?
Sim. Enquanto os débitos não estiverem inscritos em dívida ativa, eles podem ser parcelados pela Receita Federal. Se você conseguiu incluir os débitos no parcelamento do e-CAC, em princípio eles serão quitados por esse parcelamento. Em regra, os débitos de ISS e ICMS só são encaminhados para o município ou estado após a inscrição em dívida ativa. Contudo, vale a pena conferir o detalhamento do parcelamento para confirmar quais débitos foram incluídos.
Espero ter ajudado.