Olá Gabriele
Sim, é possível realizar a baixa do CNPJ atual e posteriormente abrir um novo MEI no mesmo CPF da titular, desde que ela continue atendendo a todos os requisitos para enquadramento como MEI e não possua outro CNPJ ativo no momento da nova formalização. A existência de parcelamentos ou débitos vinculados ao CNPJ baixado não impede a baixa nem a abertura de um novo MEI. Contudo, é importante destacar que a baixa da empresa não extingue as obrigações já constituídas: os débitos permanecem exigíveis, os parcelamentos continuam ativos e devem ser pagos normalmente, permanecendo a responsabilidade da titular pelo seu cumprimento. Antes de adotar essa estratégia, recomenda-se apenas verificar se não existem obrigações acessórias pendentes ou outras pendências fiscais decorrentes do desenquadramento do MEI e do Simples Nacional, para evitar futuros questionamentos ou cobranças pelos órgãos fiscalizadores.
Espero ter ajudado.