Olá Daniel
O MEI caminhoneiro não é obrigado à contabilidade formal, porém, para fins de isenção de IRPF, é indispensável manter Livro Caixa, ainda que simplificado, registrando todas as receitas de frete e todas as despesas pagas (combustível, pedágio, manutenção, pneus etc.), com documentação comprobatória.
A regularidade do MEI não se comprova por balanço ou livros contábeis, mas sim pelo conjunto formado pela DASN-SIMEI entregue, DAS mensais pagos e o Livro Caixa. Para o IRPF, se não houver Livro Caixa, a Receita Federal limita a isenção ao lucro presumido de 32% da receita bruta anual (percentual aplicável ao transporte de cargas), sendo o excedente tributável na pessoa física. Já com Livro Caixa regular, o caminhoneiro pode comprovar o lucro real, e o lucro até 50Mil apurado pode ser tratado como rendimento isento, ainda que superior aos 32%.
Espero ter ajudado.