Olá Viviane
Não. A entrega da DASN-SIMEI com faturamento acima de 20% não faz a RFB alterar automaticamente a data de desenquadramento para janeiro.
Você pode e deve:
Entregar a DASN-SIMEI apenas pelo período em que ele foi MEI (janeiro a setembro);
Declarar o faturamento real do período, mesmo que o total anual estimado ultrapasse o limite em mais de 20%.
Espero ter ajudado.