Olá Ana Clara, tudo bem?
Primeiramente eu verificaria se a cliente pretende continuar exercendo a atividade. Essa é a informação mais importante para definir o caminho.
Se ela pretende continuar com a empresa, o ideal é regularizar a situação, pagando ou parcelando os débitos (inclusive os inscritos na PGFN) e acompanhar a possibilidade de nova opção pelo Simples Nacional, observando os prazos e requisitos legais.
Se ela não pretende mais atuar, a baixa do MEI pode ser uma alternativa para evitar o surgimento de novas obrigações e débitos. Contudo, a baixa não elimina as dívidas já existentes, que continuarão vinculadas ao CPF da titular e poderão ser cobradas normalmente.
Espero ter ajudado.