Olá Kevillim, tudo bem?
Não. Esse PIX da conta PF para a conta PJ do próprio titular não é faturamento do MEI. Trata-se apenas de um aporte de recursos do dono na empresa para conseguir pagar uma despesa.
Faturamento do MEI é somente o que entra como venda de mercadoria ou prestação de serviço.
Oriente o cliente a guardar os comprovantes e registrar essa entrada como aporte do titular, e não como receita.
Espero ter ajudado.