Olá Gessica, tudo bem?
Não há problema.
No MEI, o limite é anual (R$ 81.000).
A média mensal de R$ 6.750 é apenas referência, não é obrigatória.
Então, ele pode faturar acima dessa média em alguns meses e abaixo em outros, desde que no final do ano não ultrapasse o limite anual.
Espero ter ajudado