Olá Leandro, tudo bem?
Sim. Nessa situação ele terá os dois recolhimentos normalmente:
- a empresa onde trabalha CLT continuará descontando o INSS no holerite;
- e o MEI também continuará pagando o DAS-MEI mensal, que já inclui a contribuição ao INSS.
Isso não gera problema nem pagamento “em duplicidade”. São vínculos diferentes: um como empregado CLT e outro como empresário MEI.
Além disso, o tempo e os valores podem ser considerados pelo INSS para fins previdenciários, respeitando o limite do teto previdenciário.
Espero ter ajudado.