Olá Micheli
Sim, é possível elaborar a contabilidade retroativa de um MEI para demonstrar lucro contábil e, consequentemente, permitir a distribuição de lucro isento acima do percentual presumido, desde que a escrituração seja baseada em fatos reais e tenha documentação que a suporte. A Receita Federal não costuma barrar a contabilidade apenas por ter sido feita posteriormente, mas pode questioná-la em fiscalização se não houver lastro documental suficiente. No caso do seu cliente, que presta serviços de colocação de vidros utilizando material fornecido pelo contratante e praticamente não possui despesas além do DAS, a contabilidade tenderia a demonstrar um lucro muito próximo da receita recebida, o que poderia resultar em uma parcela isenta maior do que os 32% normalmente admitidos para prestação de serviços na ausência de escrituração contábil. Entretanto, para sustentar esse tratamento, é importante que existam documentos como notas fiscais emitidas, extratos bancários, comprovantes de recebimentos e uma contabilidade formalmente elaborada (Diário, Razão, DRE e Balanço). Se a documentação for consistente, há fundamento para a escrituração retroativa; se for frágil ou insuficiente, a posição mais conservadora é utilizar a regra dos 32% de lucro isento e tributar o excedente na pessoa física.
Espero ter ajudado.