Olá Flávia, tudo bem?
Quando o CNPJ é MEI, é normal ele não constar na base da Junta Comercial, pois o registro do MEI é feito diretamente no Portal do Empreendedor, sem passar pelo registro tradicional na Junta como ocorre com outras empresas.
Caso precise de algum dado adicional ou realizar algum serviço (alteração, baixa, desenquadramento etc.), isso também é feito diretamente pelo portal do MEI.
Espero ter ajudado.