Olá Camila, tudo bem?
Hoje existem vários bancos de dados integrados (notas fiscais, cartões, movimentação bancária etc.), então mesmo compras feitas no CPF dele ou da esposa podem acabar sendo analisadas, principalmente se não forem compatíveis com a renda declarada.
Sobre o desenquadramento: não é a compra no CPF em si que gera isso, mas sim a inconsistência. Se o volume de compras for alto e não bater com o faturamento informado (principalmente no caso de MEI), pode sim gerar questionamento e até desenquadramento por indício de omissão de receita.
Espero ter ajudado.