Olá, bom dia!
Se a empresa contratante paga ele como PF, essa empresa precisa reter o Imposto de Renda na fonte, se o valor ultrapassar a isenção.
Se pagar ele como MEI de fato, então esse valor precisa entrar no faturamento, e o correto seria emitir nota fiscal.
O MEI não tem obrigação de ter uma conta PJ, por isso não faz diferença onde vai receber. Mas ultimamente, tudo que o MEI recebe na PF ou na PJ, é tudo considerado faturamento da PJ.
É importante seguir a legislação para evitar problemas com fiscalização.
Espero ter ajudado.