Olá Grasiella
A escolha entre manter o motorista como MEI ou contratar via CLT não é apenas uma questão de economia, mas principalmente de risco trabalhista. Se o motorista trabalha com subordinação, horário fixo, pessoalidade e habitualidade, mesmo sendo MEI, há grande chance de reconhecimento de vínculo empregatício, o que pode gerar passivos elevados (INSS, FGTS, férias, 13º e multas). Nesse cenário, a contratação via CLT é a opção mais segura juridicamente, embora mais cara.
Por outro lado, se o serviço for realmente autônomo, sem esses elementos, o MEI pode ser vantajoso pelo baixo custo e simplicidade.
Na CLT, o motorista pode sim receber por comissão, desde que respeitado um valor mínimo (salário mínimo ou piso da categoria), e essas comissões entram na base de encargos. Já o custo de um empregado CLT gira em torno de 70% a 80% acima do salário bruto, considerando encargos e provisões.
Caso o próprio MEI contrate um funcionário, ele pode ter apenas 1 empregado, com custo reduzido de cerca de 11% sobre o salário (3% de INSS patronal + 8% de FGTS).
Espero ter ajudado.