Olá Lohaynne, tudo bem?
Quando a pessoa abre outra empresa, ela deixa de atender aos requisitos do Microempreendedor Individual. Ou seja, o MEI passa a estar irregular desde esse momento, mesmo que isso não tenha sido regularizado imediatamente.
Sobre a sua dúvida: baixar a nova empresa e tentar manter o MEI para acessar o PRONAMPE não garante a regularização. Isso porque o desenquadramento do MEI pode ser feito de forma retroativa pela Receita Federal do Brasil, considerando que ele já não atendia às regras desde a abertura da outra empresa.
Além disso, o PRONAMPE exige que a empresa esteja regular. Se houver inconsistência cadastral ou fiscal, o crédito pode ser negado ou até questionado posteriormente.
O ideal é regularizar a situação corretamente, promovendo o desenquadramento do MEI e mantendo a empresa como ME (no Simples Nacional). Assim, evita-se risco fiscal e problemas futuros, inclusive com instituições financeiras.
Espero ter ajudado.