Boa noite!
No caso da primeira dúvida, se há a contabilidade regular, é necessário estar a par dos procedimentos diários desse MEI, efetuando os controles devidos. Um exemplo seria efetuar o controle de estoques. O MEI faz mensalmente o controle do que tem no estoques, e durante o mês compra e vende. Com base nas movimentações, pode-se chegar a um valor determinado dos estoques, ou mesmo efetuar a apuração de estoques mensalmente.
Com isso, é possível chegar ao valor que será lançado como Custo da Mercadoria Vendida (CMV = Estoque inicial + Compras - Estoque final).
No caso da emissão de nota, você precisa utilizar um sistema emissor, onde vai cadastrar os dados de cada produto, desde o NCM do produto, até o preço. Ou seja, é necessário fazer as devidas configurações de acordo com os produtos que esse MEI irá emitir.
Espero ter ajudado.