Olá Kevellyn, tudo bem?
Seu raciocínio faz bastante sentido. Quando o MEI ultrapassa em até 20% o limite anual, ele continua como MEI naquele ano e o sistema gera um DAS complementar sobre o excesso, recalculando pela regra do Simples Nacional.
Nesse caso, o PGMEI provavelmente identificou a atividade predominante e aplicou a alíquota inicial correspondente do Simples (muito possivelmente 4,5% do Anexo III ou 4% do comércio, dependendo dos CNAEs). Em seguida, o sistema compensa automaticamente parte do valor já recolhido no DAS-MEI durante o ano, evitando bitributação. Por isso a diferença pequena entre seu cálculo e o valor gerado.
Então sim, é comum o sistema aproveitar valores já pagos no DAS-MEI como compensação no cálculo complementar do excesso.
Quanto ao anexo, o fato de o DAS do MEI ser “misto” (ISS e ICMS) não define o anexo do Simples. Após o desenquadramento, é necessário analisar os CNAEs efetivamente exercidos:
atividades de comércio → normalmente Anexo I;
indústria → Anexo II;
serviços → Anexo III, IV ou V.
Em empresas com atividades mistas, pode existir segregação de receitas por anexo. O correto é identificar qual atividade gera cada receita e tributar separadamente dentro do PGDAS-D.
Espero ter ajudado.