Boa tarde!
Depende do que você deseja fazer. Se quer dar baixa de fato, você deve proceder com o processo na Junta Comercial, solicitando a baixa. Basta fazer a baixa direto neste caso.
Se optar por seguir com a empresa, basta fazer o desenquadramento na Junta, alterando o regime tributário e demais informações.
Espero ter ajudado.