Olá Djalma
Se a Receita Federal desenquadrou o MEI e o CNPJ passou a constar como Microempresa (ME), a baixa não deve ser feita pelo procedimento de encerramento de MEI, mas sim pelo procedimento de extinção da empresa na condição atual. Antes de prosseguir, é importante verificar a data e o motivo do desenquadramento, a natureza jurídica que consta no CNPJ, a situação na Junta Comercial e se existem obrigações acessórias pendentes desde o desenquadramento (como PGDAS-D, DEFIS e outras exigências estaduais ou municipais). Em regra, a existência de débitos não impede a baixa, mas as dívidas continuam sendo exigíveis do titular. Portanto, a empresa pode ser baixada, porém é necessário seguir o rito aplicável à ME e conferir eventuais pendências decorrentes do período posterior ao desenquadramento do MEI.
Espero ter ajudado.